《眼科奇書》的點校方法是：
一、以廣雅書局石印本為底本，參考河南中醫學院館藏手紗本、衡陽市中醫院李熊飛等校勘的油印本（以下簡稱李勘本）、河南中醫學院劉振武氏手抄的《限科宜書》本、以及荊小儔整理的《眼科奇書》（以下簡稱荊整本），進行點校。
二、書中奪字、錯字及少數難懂的字、詞、句，均一一加以校注。凡需校注之處，均在其右上方附以角碼，按角碼順序注於該頁之末。
三、1934年安仁重印《眼科奇書》時，書前有「廣傳眼科奇書弁言」一篇，是研究本書歷史及學術價值的重要文獻，特據李勘本補入。
四、原本無「眼科奇書說明」一節，今據李勘本補入。
五、書中「治眼病根底要訣」一節的內容，原誤附於眼病禁忌藥品炮製法中，今據劉抄本摘出，幷補篇題。
六、原書無目錄，今據正文新編目錄，以利檢閱。
七、原書藥名用字多不規範，均徑改，不出注。
八、原書尾無治乳百驗方之附錄，今據李勘本劉抄本補附於書末，俾讀者瞭解諸版本之概貌。
九、因改豎為橫排，凡右方、右藥的右字，均改作上。
由於點校者水準有限，謬誤之處在所不免，敬希同道郢正。
盧丙辰安身謙李僖如
一九八八年八月于河南中醫學院
注：弁，音遍，序文。永康堂整體保健（張辰奕）【Y.C.T】
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